1.受理申請：依本程序第五點申請作業程序完成準備作業。 以下第2-9點程序依據本作業程序第五點申請作業程序(二)之申辦作業流程： 2.資格審查：造冊簽會人事單位複查申請人資格。 3.案件分類、分組、分案及初審：依申請類別分類及學門分組，經執行秘書同意，諮詢學門小組長或複審委員推薦初審專家，分案予初審委員進行審查。
綜合性案件(編醫療保健儀器、機械儀器、資訊設備或工程)：工作小組執行秘書與學門小組長協商分案予符合各類專業領域之專家學者審查，必要時可組專案小組或要求申請機關簡報或進行現場勘查。 4.複審： (1)整理初審意見：送學門小組長分案複審委員進行複審，依審查評分高低及極力推薦、推薦、勉予推薦、不予推薦等級排序。 (2)複審會議：由執行秘書會同學門小組長召集學門會議審，排列研究案優先順序、建議錄取案件數及建議金額。 5.經費審核：彙整資料送會計室依市府經費編列標準及經費繕總進行審核。 6.執行審查工作小組會議：整理會計室及審查委員之審查資料提送執行審查工作小組會議審議。 7.審查結果作業：列印通過案件及會議紀錄簽局長核可，線上通知、公告及函知申請機關。申請人同意執行計畫，依審議內容線上修正及上傳。 8.核定作業：列印核定清單及名冊簽陳局長核可公告及函申請機關辦理請款作業，並副知本府研究發展考核委員會、主計處及人事處。 9.請款及撥款作業：申請機關檢附核定清單、核定名冊、計畫執行同意書、繕製領據等函送本局進行請款作業。業務單位彙整簽會辦理經費撥款作業事宜。 10.成果報告繳交、經費核銷及結案：依本作業程序第七點規定辦理。 通過 請款及撥款作業 執行計畫 成果報告審查作業 成果報告核備 經費核銷作業 結案 學門分組、分案初審 複審 執行審查工作小組會議 審查結果作業 受理申請 審議結果 通知申請人 不通過 報府同意 市府審議 通過 通知申請人 不通過 核定作業 資格審查 會計室審查 通知申請人 不符合 符合 一般案件 綜合案件 學門分組、分案初審、專業審查 案件分類 適用第1-7款 適用第8款 附件二 臺北市政府衛生局統籌款線上申辦系統作業流程