第七條
船舶入出離島兩岸通航港口，應依指定之航道航行。 前項航行航道，由交通部會同相關機關劃設，並公告及刊登政府公報。 船舶違反第一項規定者，得廢止其航行許可，並按其情節，得對所屬船舶所有人申請船舶航 行案件，不予許可。

第四十二條
大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，主管機關依下列規定處置： 一、進入限制水域者，予以驅離；可疑者，命令停船，實施檢查。驅離無效或涉及走私者， 扣留其船舶、物品及留置其人員。 二、進入禁止水域者，強制驅離；可疑者，命令停船，實施檢查。驅離無效、涉及走私或從 事非法漁業行為者，扣留其船舶、物品及留置其人員。 三、進入限制、禁止水域從事漁撈或其他違法行為者，得扣留其船舶、物品及留置其人員。 四、前三款之大陸船舶有拒絕停船或抗拒扣留之行為者，得予警告射擊；經警告無效者，得 直接射擊船體強制停航；有敵對之行為者，得予以擊燬。

第四十三條
依前條規定扣留之船舶，由有關機關查證其船上人員有下列情形之一者，沒入之： 一、搶劫臺灣地區船舶之行為。 二、對臺灣地區有走私或從事非法漁業行為者。 三、搭載人員非法入境或出境之行為。 四、對執行檢查任務之船艦有敵對之行為。 扣留之船舶因從事漁撈、其他違法行為，或經主管機關查證該船有被扣留二次以上紀錄者， 得沒入之。 扣留之船舶無前二項所定情形，且未涉及違法情事者，得予以發還。