第二條
行政院海岸巡防署海岸巡防總局（以下簡稱本總局），掌理下列事項： 一、關於入出海岸管制區之檢查、管制事項。 二、關於海岸、非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國事項。 三、關於協助通商口岸之查緝走私、防止非法入出國事項。 四、關於船舶及其他水上運輸工具非法進入海岸地區之管制及處理事項。 五、關於海岸地區犯罪之偵防及警衛、警戒等事項。 六、關於海岸及漁、商港之安全檢查事項。 七、關於海岸涉外事務之協調、調查及處理事項。 八、關於通信、電子（含雷達）、光電、資訊等計畫之擬定、督導、執行及裝備系統籌建建 議等事項。 九、關於海岸地區走私、非法入出國與反滲透情蒐之計畫執行、管制及督導事項。 十、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。 十一、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。 十二、其他依法應執行或協助之事項。

第二條
行政院海岸巡防署海洋巡防總局（以下簡稱本總局）掌理下列事項： 一、關於海域犯罪之偵防事項。 二、關於海上、非通商口岸之查緝走私事項。 三、關於依法執行下列事項： （一）海上交通秩序之管制及維護事項。 （二）海上船舶碰撞及其他糾紛之蒐證、處理事項。 （三）海難船舶與人員之搜索、救助及緊急醫療救護事項。 （四）海洋災害之救護事項。 （五）漁業巡護及漁業資源之維護事項。 （六）海洋環境保護及保育事項。 （七）其他依法執行事項。 四、關於海上涉外事務之協調、調查及處理事項。 五、關於海上巡防勤務、業務之規劃、督導及考核事項。 六、關於船舶、航空器之規劃、設計、建造、維修等事項。 七、關於風紀維護之規劃、督導、考核及違紀案件之查處事項。 八、關於訓練之策劃、執行及考核等事項。 九、關於各項法令疑義之解釋及簿冊之規劃設計事項。 十、其他依法應規劃、執行事項。

第二條
海岸巡防機關（以下簡稱巡防機關）與警察機關對於巡防機關管轄區內之犯罪案件調查， 依下列規定辦理： 一、於海域之涉嫌犯罪案件由巡防機關調查。但海上聚眾活動由巡防機關及警察機關共同 處理。 二、於海岸屬走私、非法入出國及與其相牽連之涉嫌犯罪案件，由巡防機關調查，其他涉 嫌犯罪案件由警察機關調查。 巡防機關或警察機關於巡防機關管轄區內發現應由他方調查之案件時，應為必要之處置， 並立即通知他方機關。