大眾捷運系統工程穿越下列土地之一者，其補償標準依第十條規定補償費 之百分之五十補償之： 一、依第九條第一項規定註記之土地。 二、配合捷運系統建設，其地面可計入法定空地者。 三、捷運系統及其相關設施使用樓地板面積部分經免計樓地板面積者。 大眾捷運系統工程穿越經與土地所有人協議同意無償提供設定地上權或註 記之土地者，依其協議辦理。

大眾捷運系統工程因施工需要使用本法第十八條規定之公有土地者，不適 用第六條至第十一條、第十三條至第二十二條規定。

大眾捷運系統工程穿越需取得地上權之土地，於捷運工程進行穿越時仍存 在並定著於土地有牆壁及頂蓋之合法建築物，或領有建造執照施工中建築 物，依下列基準計算補償： 一、穿越地下深度未滿十三公尺者，發給建築物造價百分之九十之補償費 。 二、穿越地下深度十三公尺至未滿二十四公尺者，發給建築物造價百分之 六十五之補償費。 三、穿越地下深度達二十四公尺以上者，發給建築物造價百分之四十之補 償費。 前項建築物位於依第九條第一項規定註記之土地者，其補償依前項規定基 準之百分之五十計算之。 前二項建築物造價依當地主管機關所定之建築物造價基準計算之。 第一項及第二項之建築物，需地機構得與其所有人協議不予補償。 第一項建築物同一戶被穿越所賸餘之樓地板面積未達該戶面積三分之一， 或面積達三分之一而在三十平方公尺以下者，得併入計算補償，補償之面 積依捷運工程細部設計圖量取及現場核對計算之。 穿越土地上之土地改良物需一併拆遷時，其補償應依當地直轄市或縣（市 ）政府辦理公共工程用地拆遷補償規定辦理，並應將第一項、第二項及第 五項之建築物穿越補償費予以扣除。

大眾捷運系統工程於中華民國八十九年十二月三十日本辦法修正施行前， 已依施行前規定補償完竣者，不適用本辦法修正後之補償等規定。 大眾捷運系統工程於中華民國一百年九月十九日本辦法修正施行前，已依 施行前規定就捷運穿越用地之土地及建築物之補償基準公開辦理說明會者 ，其補償適用修正施行前之規定。