- 中華民國112年11月6日經濟部經園字第11255600380號令修正發布全文十八條,自發布日施行
- 中華民國110年4月6日經濟部經加字第11004601440號令修正發布名稱及第一條、第二條、第八條、第十條、第十七條條文,自110年3月28日施行(原名稱:加工出口區管理費規費及服務費收費標準)
- 中華民國109年4月27日經濟部經加字第10904601820號令修正發布第四條、第十七條條文,自發布日施行
- 中華民國107年9月27日經濟部經加字第10703817020號令修正發布第八條、第十三條、第十七條文;增訂第八條之一條文,自107年11月1日施行
- 中華民國104年11月26日經濟部經加字第10403823750號令修正發布全文十七條,自105年1月1日施行
- 中華民國103年4月17日經濟部經加字第10303808590號令修正發布第二條、第五條、第十六條、第十七條、第二十一條、第二十五條;增訂第三條之一、第十條之一、第十七條之一條文,自103年5月1日施行
- 中華民國100年1月26日經濟部經加字第10003800860號令修正發布全文二十五條,自100年2月1日施行
- 中華民國97年10月22日經濟部經加字第09703829530號令修正發布第二十四條;增訂第二條之一條條文,自97年11月1日施行
- 中華民國94年11月29日經濟部經加字第09403812460號令修正發布全文二十四條,自94年11月1日施行
- 中華民國92年2月26日經濟部經加字第09203808130號令修正發布全文二十三條,自92年1月1日施行
- 中華民國91年6月12日經濟部經加字第09103836310號令修正發布全文二十一條,自91年7月1日起施行
- 中華民國89年12月28日經濟部(87)經加字第89258793號令修正發布全文二十條,自90年1月1日施行
- 中華民國87年12月23日經濟部(87)經加字第87388617號令修正發布全文十五條,自發布日施行
- 中華民國87年1月7日經濟部(87)經加字第86391823號令訂定發布全文十三條,自87年1月1日起施行