一、自治條例：（處理流程詳附表一）
 （一）內容定有罰則者：
    1.直轄市政府應逕行報行政院（以下簡稱本院）核定，本院各主管單位收受直轄市
     政府報院函後，應於 1個月內簽復核定。但自治條例內容複雜、關係重大，或經
     中央業務主管機關函報須較長時間審查者，應敘明理由函告直轄市政府延長期限
     。
    2.本院各主管單位收文後，應先交由中央業務主管機關會商相關部會（包括法務部
     ）於15日內彙整全案提出具體意見報院。中央業務主管機關因相關部會意見有待
     協調或釐清，無法於期限內將意見函復者，應先將無法依期限處理之理由及預定
     處理期限報院，並於預定期限內將意見函復。
    3.本院各主管單位於收到中央業務主管機關函復意見後，如有必要，得再會請本院
     各相關單位表示意見，並審認其內容，分別依下列情形簽復直轄市政府並副知中
     央業務主管機關：
     (1)認無牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規者，函復准予核定。
     (2)認有牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規或其條文前後矛盾、文字明顯錯漏
      者，退請直轄市政府再行研酌、逕予修正核定或不予核定。
 （二）內容未定有罰則者（依內政部91年6月5日台內民字第0910066134號令示意旨，內容
    定有罰則之自治條例，如僅修正罰則以外之條文時，亦屬之）：
    1.直轄市政府應函報中央業務主管機關轉本院備查。各中央業務主管機關應敘明其
     有無牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規；其內容涉及其他部會業務者，該中
     央業務主管機關並應先會商相關部會意見，彙整並綜合研析後，提出具體意見報
     院。中央業務主管機關函轉本院時如未敘明有無牴觸憲法、法律或基於法律授權
     之法規者，本院各主管單位應即退請該機關依規定辦理；其屬本院主計總處主管
     之業務，則由該總處收文，並代辦院稿函復。
    2.直轄市政府未函請中央業務主管機關轉報本院備查，而逕行報院者，本院各主管
     單位應交由中央業務主管機關依（二）1 之程序辦理。
    3.中央業務主管機關依（二）1 之程序函轉本院備查者，本院各主管單位收文後，
     認自治條例有無牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規存有疑義，得函請直轄市
     政府、中央業務主管機關或相關部會釐清；如有必要，得再會請本院各相關單位
     表示意見，經審認其內容後，分別依下列情形逕行簽復直轄市政府並副知中央業
     務主管機關：
     (1)認無牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規者，函復業已備查。
     (2)認有牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規者，應敘明牴觸條文及理由，就全
      部或牴觸部分函告無效。

附表一-直轄市自治條例報院核定或備查處理程序

二、自治規則：（處理流程詳附表二）
 （一）直轄市政府應逕行報本院備查，本院各主管單位收文後，應先交由中央業務主管機
    關會商相關部會，針對自治規則有無牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規及自治
    條例表示意見。如內容單純者，可免函交。
 （二）本院各主管單位收受函復意見後，除中央業務主管機關未敘明有無牴觸憲法、法律
    或基於法律授權之法規及自治條例者，應即退請該機關依規定辦理外，認自治規則
    有無牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規及自治條例存有疑義，得函請直轄市政
    府、中央業務主管機關或相關部會釐清；如有必要，得再會請本院各相關單位表示
    意見。經審認其內容有無牴觸憲法、法律或基於法律授權之法規及自治條例後，參
    照前開一、（二）3 自治條例（未定有罰則）之程序辦理。

附表二-直轄市自治規則報院備查處理程序

四、組織自治條例：（處理流程詳附表四）
 （一）直轄市政府應將直轄市政府組織自治條例逕行報本院備查、市議會應將市議會組織
    自治條例逕行報本院核定，由本院綜合業務處收文後，交由中央業務主管機關會商
    銓敘部、本院人事行政總處、主計總處、國家發展委員會及法務部後，彙整提出具
    體意見報院。
 （二）直轄市政府應將其所屬事業機構組織自治條例逕行報本院備查，依其性質由本院相
    關主管單位收文後，交由中央業務主管機關會商銓敘部、本院人事行政總處、主計
    總處、國家發展委員會及法務部後，彙整提出具體意見報院。
 （三）本院各主管單位於收到函復意見後，即分別參照前開一、（二） 3自治條例（未定
    有罰則）及一、（一） 3自治條例（定有罰則）之程序辦理。直轄市議會組織自治
    條例經本院核定者，並應同時函請直轄市政府公布。

附表四-直轄市政府／議會組織自治條例報院備查／核定處理程序