飛安組掌理事項如下：
一、總隊飛航安全監理機制與飛航安全管理之規劃及執行。
二、飛地安全事件預防規劃及執行。
三、飛地安全事件調查、分析、檢討及管考。
四、飛地安全教育訓練、稽查規劃及執行。
五、飛地安全相關會議之召開及參加。
六、國內外相關單位飛地安全資訊交流。
七、飛地安全相關規定之訂修、宣導、推動及執行。
八、其他有關飛地安全事項。

本總隊設下列組、室、大隊：
一、航勤組，分四科辦事。
二、機務組，分三科辦事。
三、飛安組，分二科辦事。
四、秘書室。
五、人事室。
六、政風室。
七、主計室。
八、勤務第一大隊，分三隊辦事。
九、勤務第二大隊，分三隊辦事。
十、勤務第三大隊，分三隊辦事。

航勤組掌理事項如下：
一、航務與空中勤務指揮作業之規劃、督導及執行。
二、機隊駐地與飛機配置之規劃、督導及執行。
三、飛航作業計畫之擬訂、督導、執行與空中支援案件之受理派遣、指揮管制及協調聯繫。
四、與飛航管制機關聯繫及協議之訂定。
五、緊急救難起降場之調查、協調與緊急應變小組、前進指揮所開設之規劃、督導及執行。
六、飛航勤務人員服勤、演習與訓練之規劃、督導及執行。
七、飛行員資格之檢定、鑑測與隨機飛行查核、督導及追蹤考核。
八、與勤務相互支援機關間協議之訂定、執行及共同勤務人員之訓練、指導。
九、陸空通訊系統與資訊作業之規劃、建置、管理及維護。
十、其他有關航勤事項。

秘書室掌理事項如下：
一、會報及議事之處理、計畫列管。
二、文書、檔案、印信、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、國會聯絡及媒體公關事務。
四、法令之研究、整理、編纂及諮詢。
五、國家賠償事件之處理。
六、不屬其他各組、中心、室、大隊事項。

本規程自中華民國一百零三年一月一日施行。
本規程修正條文自發布日施行。

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