本關設下列組、室、分關： 一、業務一組，分五課十股辦事。 二、業務二組，分五課十二股辦事。 三、稽查組，分五課十八股辦事。 四、快遞機放組，分六課二十三股辦事。 五、機動稽核組，分四課六股辦事。 六、法務緝案組，分三課一股辦事。 七、秘書室，分六股辦事。 八、人事室，分三股辦事。 九、政風室，分二股辦事。 十、主計室，分三股辦事。 十一、資訊室，分三股辦事。 十二、松山分關，分四課九股辦事。 十三、竹圍分關，分六課二十三股辦事。

業務二組掌理事項如下： 一、保稅貨物與新竹科學園區進出園區貨物及郵遞貨物之通關。 二、報單審核及報單副本之核發。 三、報關業、運輸業、承攬業及貨棧業之設立、變更登記及管理。 四、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店設立、變更登記之處理。 五、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心、免稅商店、自由貿易港區與科學園 區事業之監管、貨物查核及帳冊管理。 六、優質企業之認證、驗證及管理。 七、侵害智慧財產權案件之處理。 八、違章及行政救濟案件之處理。 九、其他有關保稅及新竹科學園區通關事項。

稽查組掌理事項如下： 一、入出境旅客、航員之行李檢查及通關。 二、外籍旅客購買特定貨物核退營業稅之貨物查驗。 三、旅客行李寄存倉庫之監管。 四、違章及行政救濟案件之處理。 五、本關正常辦公時間外之檢舉、密報案件之登錄及通報。 六、其他有關稽查事項。

機動稽核組掌理事項如下： 一、進口、出口、轉運、轉口貨物（櫃）與郵遞貨物之抽驗及複驗。 二、入出境旅客及航員之行李抽檢。 三、查緝案件、緊急事件之處理。 四、旅客情資管理、情資蒐集分析及市面查緝。 五、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。 六、私貨倉庫及保稅相關處所貨物之抽核。 七、進口報單放行後之抽審與複審及事後稽核案件之處理。 八、違章及行政救濟案件之處理。 九、其他有關機動查緝及稽核事項。

法務緝案組掌理事項如下： 一、關務、緝私法規制（訂）定、修正、廢止之法制作業及法規適用疑義 之研議、闡釋。 二、緝私案件之控管、處分書之核發及送達。 三、復查及其他行政救濟案件之佐理作業。 四、檢舉、密報案件之登錄及通報。 五、國家賠償案件之處理。 六、徵補稅費與裁處罰鍰案件之保全、催繳、強制執行及限制出境之通報 。 七、軍警與其他機關移送案件緝私報告之撰寫及行政救濟案件之答辯。 八、逾期不報關貨物之查驗估價、私貨與逾期貨物之處理及倉庫管理。 九、緝案獎金之核算、分配及核發。 十、其他有關法務緝案事項。