自由港區事業應辦理之自主管理事項如下：
一、自國外進儲貨物之通報。
二、貨物輸往國外之通報。
三、貨物輸往其他自由港區之通報。
四、貨物輸往課稅區、保稅區之通關。
五、自課稅區、保稅區進儲貨物之通關。
六、區內交易貨物之通報。
七、修理、測試、檢驗、加工、展覽、委託及受委託修理、測試、檢驗、
  加工之處理。
八、進儲本條例第十五條第一項規定物（貨）品之通報。
九、本條例第十六條第一項規定物（貨）品輸往國外之通報。
十、貨物及自用機器設備之帳務處理。
十一、按月彙報貨物之入出區（廠）管理。
十二、盤點及盤存清冊、結算報告表之造送。
十三、廢品、下腳及其有利用價值部分之處理。
十四、物（貨）品遭竊、遭受災損時之處理。
十五、門禁之管控。
十六、製造、物流、倉儲及廠（場）區作業之管理。
十七、封條加封及核銷作業。
十八、短卸、溢卸、短裝、溢裝報告之填報。
十九、加工、重整、包裝、加註或更正標記、箱號作業。
二十、看樣、取樣及公證作業。
二十一、空貨櫃進出之檢查。
二十二、貨物通關、帳務處理及貨物控管之電腦資料儲存作業。
二十三、違規、違章、異常案件之報告。
二十四、遵守產地標示規範。
二十五、跨區貨櫃（物）移運以自由港區專用運貨工具（專用車隊）或保
    稅運貨工具載運之處理。
二十六、其他經自由港區管理機關或海關規定應遵行事項。

自由港區事業進儲國外整裝貨櫃貨物，符合下列條件者，除菸、酒及未經
經濟部公告准許輸入之大陸農、漁、畜產品外，得逐案向海關申請免拆櫃
進倉，以原貨櫃存儲於該事業之露天處所儲位：
一、成立一年以上。
二、申請前一年內，依本條例核處罰鍰未逾三次且未經停止進儲貨物。
三、整櫃貨物貨名相同，並提供裝箱單或裝櫃明細表。
四、自由港區事業營運面積劃有露天處所儲位，且設有二十四小時連續錄
  影或動態偵測錄影之監視系統設備，錄影紀錄並應保留至少三十日，
  必要時，應依海關通知延長存檔至九十日以上。
五、貨櫃存儲自由港區事業期間應以自備封條或海關封條加封。
六、自由港區事業應於帳冊登載貨櫃標誌、號碼、封條號碼及儲位，並備
  註原進倉貨櫃不拆櫃存儲。
七、整裝貨櫃貨物進儲前，應於貨櫃集散站完成通報程序。
依前項規定存儲貨物後，自由港區事業向海關通報，有虛報、不實情事或
私運行為者，自處分之日起一年內不得再依前項規定申請免拆櫃進倉。
第一項存儲貨櫃，於存儲期間不得開啟。但自由港區事業有特殊情形者，
得經海關核准，在櫃內貨物不分批進出自由港區事業之前提下，開啟或更
換貨櫃，並設置封條加封啟封紀錄簿，以供查核。

依本條例第十八條第三項規定，港區貨棧應辦理貨物控管事項如下：
一、卸存港區貨棧之國外貨物，港區貨棧核對進口艙單，點收貨物並確定
  儲位後，向海關傳輸進倉資料訊息。
二、課稅區、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心貨物運入港區，港區貨棧點
  收貨物並確定儲位後，傳輸出口貨物進倉證明訊息，並接收海關放行
  通知訊息，俾自由港區事業提領貨物。
三、科技產業園區、科學園區、農業科技園區、其他自由港區貨物運入自
  由港區貨棧，港區貨棧憑海關放行通知訊息點收貨物，並供自由港區
  事業提領貨物。
四、自由港區事業出口貨物進儲港區貨棧後，港區貨棧傳輸出口貨物進倉
  證明訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以進行後續裝併櫃（
  盤）及裝船（機）作業；需運出區出口者，另簽發運送單加封出區。
五、自由港區事業運往其他自由港區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後，
  傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運送
  單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。
六、自由港區事業運往課稅區、保稅區貨物，港區貨棧於點收貨物進儲後
  ，傳輸進倉資料訊息至海關，並接收海關放行通知訊息，憑以簽發運
  送單出區；其有加封必要者依海關規定辦理。
七、自由港區事業經核准按月彙報之貨物，得不進儲港區貨棧。

依本條例第十八條第三項規定，港區門哨單位應辦理貨物控管事項如下：
一、海運進口貨櫃（物）卸船或由區外進儲自由港區者，港區門哨單位憑
  運送單，核對海關核發之特別准單訊息或轉運准單訊息，驗明與貨櫃
  （物）標誌、號碼及封條完整無訛後，辦理貨櫃（物）進區，並傳輸
  貨櫃動態至貨櫃動態資料庫。
二、空運進口貨物卸機或由區外進儲自由港區者，港區門哨單位憑海關核
  發之特別准單或轉運准單訊息，驗明運送單與保稅運貨工具或自由貿
  易港區專用車隊標誌及封條完整無訛後，辦理貨物進區。
三、保稅倉庫、物流中心貨物運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對
  保稅運貨工具或物流中心自營車隊或契約車隊、自由貿易港區專用車
  隊標誌及封條完整無訛後進區。
四、科技產業園區、科學園區、農業科技園區、其他自由港區之貨物完成
  報關放行運入自由港區，港區門哨單位憑運送單核對保稅運貨工具或
  自由貿易港區專用車隊標誌、封條完整無訛及放行訊息進區；科技產
  業園區、科學園區、農業科技園區之貨物，得運入自由港區辦理通關
  ，港區門哨單位憑運送單核對無訛後進區。
五、課稅區、自用保稅倉庫、保稅工廠貨物運入自由港區，港區門哨單位
  憑運送單核對無訛後進區。
六、自由港區出口貨物經由區外裝船（機）出口者，港區門哨單位憑港區
  貨棧簽發之運送單核對放行訊息出區。
七、自由港區運往其他自由港區、保稅區、課稅區貨物，港區門哨單位憑
  港區貨棧簽發之運送單核對相關放行訊息出區。
八、自由港區事業貨物因修理、測試、檢驗、委託加工之進出區依第五款
  及第七款之規定辦理。其他特殊情形之進出區，港區門哨單位憑海關
  簽發之核准文件辦理。
九、空貨櫃進出自由港區，港區門哨單位憑運送單出進站，並由運送人開
  啟空貨櫃接受警衛人員檢查。
十、有關貨櫃及貨物進出之動態訊息，港區門哨單位應即時登錄於港區貨
  物控管系統，並可提供海關線上查核；相關電腦紀錄及單證應保管一
  年。
十一、自由港區事業按月彙報貨物或機器、設備因急需出區修理者，港區
   門哨單位憑運送單辦理入出區，其於運抵港區門哨時，經抽驗機制
   篩選必須抽核者，由門哨人員留置，並通知海關辦理抽核。
港區管理機關配合前項第十一款作業，應提供海關辦理抽核之適當場所、
設備，及於電子資料自動比對驗證及傳輸系統上執行線上注檢與列印運送
單證、報表等機制設施，以查核貨物運送情形。