原住民族教育研究中心掌理事項如下：
一、原住民族教育資源平臺之整合及建置。
二、原住民族教育發展相關之研究。
三、原住民族學生學習成就之調查。
四、原住民族教育政策專業諮詢之提供。
五、各國原住民族教育制度及政策之研究。
六、其他有關原住民族教育研究事項。

本院設下列中心及室：
一、教育制度及政策研究中心。
二、課程及教學研究中心。
三、測驗及評量研究中心。
四、語文教育及編譯研究中心。
五、教科書研究中心。
六、教育資源及出版中心。
七、綜合規劃室。
八、秘書室。
九、人事室。
十、主計室。
十一、教育人力發展中心。
十二、原住民族教育研究中心。

教育制度及政策研究中心掌理事項如下：
一、各級教育制度、政策及問題之研究。
二、鄉土及多元文化教育之研究。
三、教育政策意見之調查及分析。
四、教育決策資訊及專業諮詢之提供。
五、教育指標之研究。
六、教育需求評估之研究。
七、各國教育制度及政策比較之研究。
八、其他有關教育制度及政策研究事項。