本署設下列組、室：
一、高級中等教育組，分五科辦事。
二、國中小教育組，分三科辦事。
三、學前教育組，分三科辦事。
四、原民特教組，分三科辦事。
五、學務校安組，分五科辦事。
六、秘書室，分三科辦事。
七、人事室，分二科辦事。
八、政風室。
九、主計室，分二科辦事。

高級中等教育組掌理事項如下：
一、直轄市、縣（市）政府辦理高級中等教育之督導及協調。
二、高級中等教育制度之政策規劃及相關法規之研修。
三、所轄高級中等學校行政之管理及督導。
四、高級中等學校校園環境設施、教學設備之規範及督導。
五、高級中等學校課程、教學、研究、實驗之規劃、推動及督導。
六、高級中等學校學生實習之規劃、推動及督導。
七、高級中等學校辦理進修教育業務之規劃、推動及督導。
八、高級中等學校入學政策之規劃、推動及督導。
九、其他有關高級中等學校教育事項。

原民特教組掌理事項如下：
一、直轄市、縣（市）政府辦理高級中等以下學校原住民族與少數族群教
  育、特殊教育之督導及協調。
二、高級中等以下學校原住民族與少數族群教育及特殊教育之政策規劃及
  相關法規之研修。
三、高級中等以下學校原住民族與少數族群教育、特殊教育經費之補助及
  督導。
四、高級中等以下學校原住民族及少數族群教育、特殊教育課程、教學、
  研究與實驗之規劃、推動及督導。
五、高級中等以下學校原住民族與少數族群教育、特殊教育學生就學扶助
  、補助、獎助之規劃、推動及督導。
六、所轄高級中等以下學校特殊教育學校行政之管理及督導。
七、高級中等以下學校特殊教育學生就學鑑定、安置與輔導之規劃、推動
  及督導。
八、高級中等以下學校無障礙校園環境、特殊教育教學設備、教育輔助器
  材與支持服務系統建置之規劃、推動及督導。
九、高級中等學校辦理國際教育與交流之規劃、推動及督導。
十、其他有關高級中等以下學校原住民族與少數族群教育及特殊教育事項
  。