前條第四款貨櫃（物）控管規劃之內容，應包含設置適當之檢查場所及下
列控管機制設施：
一、電子資料自動比對驗證及傳輸系統：對於載運貨物入出自由港區之人
  員、車輛、貨櫃（物）及運送單證等資訊，能以電子資料自動比對驗
  證，並能將上述動態資訊，連結傳輸至貨櫃物動態資料庫。
二、貨櫃（物）運送控管機制：自由港區與他自由港區或海空港管制區間
  之貨櫃（物）運送，應採用科技設施或其他控管機制，有效監督貨櫃
  （物）入出區及運送期間之路徑、運輸狀況等動態訊息，或使用向海
  關登記之保稅運貨工具；保稅運貨工具應配合及遵行事項，依關稅法
  第二十五條及海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理。但未建立運送控
  管機制者，其貨櫃（物）應辦理通關後始得運送出區。
三、異常訊息處理機制：對於前二款之控管機制遇有異常狀況，能即時顯
  示異常訊息並有效通報各有關單位處理。
符合第二條第一項第五款要件之土地申請設置自由港區者，除依據前項規
定辦理外，並應依本條例第三條第一款規定，設置科技電子追蹤控管設備
，對入出區之貨櫃（物），進行全程之貨況追蹤。
各級審查機制應確實審查自由港區依前二項規定設置之檢查場所及控管機
制設施，對於人員、車輛及貨櫃（物）入出自由港區之控管處理，符合快
速便捷、安全維護、預防犯罪之基本需求。
第一項及第二項所定相關之單證或電子資料，應由申請人保存一年；自由
港區管理機關得查核之。
依規定設置之檢查場所，得以自由港區內之貨櫃集散站查驗區或港區貨棧
替代。但申請人應協同所在地海關及管理機關規劃貨櫃（物）控管機制。

海空港之自由港區管理機關受理設置自由貿易港區申請之審查程序如下：
一、於受理申請書件證明齊備之次日起三十日內，舉行公聽會並完成初步
  審核。
二、經初步審核同意者，應報請主管機關審查；其有不合於申請劃設之資
  格、條件或確有管理上之困難者，應不予同意。
本條例第七條第三項所定確有管理上之困難，指有下列情形之一者：
一、依該航空站或港口之運輸作業能量已呈飽和而無擴充之計畫。
二、無法提出適當之管理機關組織因應計畫。
三、管理機關執行本條例第九條第一項所定職掌事項有窒礙難行之因素。

經行政院核定設置自由港區者，其自由港區管理機關應即依本條例第四十
五條第二項規定擬訂相關收費標準，並於主管機關核發營運許可後，發布
施行。
經行政院核定不予設置者，由主管機關述明理由函復申請人。

自由港區經核定設置後，申請人應依可行性規劃報告、營運計畫書及管理
計畫書之內容，進行開發。
申請計畫變更者，應檢具變更相關之第四條規定文件向主管機關申請核准
，並報請行政院備查。
前項申請變更計畫之內容，涉及總目標改變、申設面積、時程調整達計畫
面積或計畫時程之三分之一以上者，應由主管機關述明理由，報請行政院
核定。
第二項申請計畫變更僅涉及第五條第四款貨櫃（物）控管規劃、第五款管
制規劃、第六款防災及緊急應變計畫或第七條第三款自由港區貨棧之設置
者，應檢具變更文件向自由港區管理機關申請核准，並報請主管機關備查
。但申請人為管理機關者，應向主管機關申請核准。
第二項、第四項申請變更事項，涉及其他目的事業主管機關職掌者，應先
會商各該機關意見。

自由港區未按核定或核准之開發興建期程完成興建，自全部或一部之期限
屆至之日起逾一年，申請人仍未取得營運許可者，主管機關得命其限期改
善；屆期不改善或改善無效者，得視情形分別由主管機關報請行政院廢止
原核定，或由原核准機關廢止其核准。
依前項規定執行限期改善之處分時，應以書面通知，並載明下列事項：
一、缺失之具體事實。
二、改善缺失之期限。
三、改善後應達到之標準。
四、屆期未完成改善之處理。