本署設下列組、室：
一、企劃組，分四科辦事。
二、癌症防治組，分三科辦事。
三、慢性疾病防治組，分三科辦事。
四、婦幼健康組，分四科辦事。
五、社區健康組，分四科辦事。
六、菸害防制組，分三科辦事。
七、監測研究及健康教育組，分三科辦事。
八、秘書室。
九、人事室。
十、政風室。
十一、主計室。

菸害防制組掌理事項如下：
一、菸害防制政策與相關措施之規劃及推動。
二、菸害防制法制業務之規劃及推動。
三、菸害防制宣導教育之規劃及推動。
四、菸害防制訓練與研究之規劃及推動。
五、戒菸服務之規劃及推動。
六、其他有關菸害防制事項。

監測研究及健康教育組掌理事項如下：
一、國民健康監測調查之規劃及執行。
二、國民健康監測調查指標蒐集與資料分析及結果發布。
三、國民健康監測調查資料之管理及加值運用。
四、出生通報之行政管理及資料分析。
五、健康促進有關科技研究之規劃及管理。
六、健康促進傳播之規劃及推動。
七、其他有關監測研究及健康教育事項。

本規程自中華民國一百零二年七月二十三日施行。
本規程修正條文自發布日施行。