本署設下列組、室、區管理中心：
一、企劃及科技管理組，分四科辦事。
二、食品組，分六科辦事。
三、藥品組，分六科辦事。
四、醫療器材及化粧品組，分六科辦事。
五、管制藥品組，分六科辦事。
六、研究檢驗組，分六科辦事。
七、品質監督管理組，分五科辦事。
八、秘書室，分三科辦事。
九、人事室，分二科辦事。
十、政風室。
十一、主計室，分二科辦事。
十二、資訊室，分二科辦事。
十三、北區管理中心，分六科辦事。
十四、中區管理中心，分三科辦事。
十五、南區管理中心，分三科辦事。

品質監督管理組掌理事項如下：
一、食品藥物化粧品風險評估綜合業務。
二、食品藥物化粧品危害事件之應變及管理。
三、藥物製造、運銷品質系統管理與查核業務之規劃及執行。
四、化粧品製造管理與查核業務之規劃及執行。
五、食品衛生安全管理系統認證、驗證業務之規劃及執行。
六、人體器官保存庫與人體細胞組織優良操作規範查核業務之規劃及執行。
七、食品藥物化粧品實驗室管理與認證業務之規劃及執行。
八、其他有關品質監督管理事項。

資訊室掌理事項如下：
一、本署資訊應用服務策略規劃及協調推動。
二、本署資訊應用環境規劃及管理。
三、本署資通安全規劃及推動。
四、其他有關資訊事項。

北、中、南區管理中心掌理事項如下：
一、食品藥物化粧品之輸入查驗、檢驗與報驗發證業務之規劃、管理及執行。
二、食品藥物化粧品之流通稽查與流通檢驗之規劃、管理及執行。
三、地方衛生主管機關食品藥物化粧品稽查與檢驗業務之溝通及協調。
四、食品業者查核業務之規劃及執行。
五、其他有關區管理中心事項。