特別行動支援中心掌理事項如下：
一、國際動態、政經情勢與海域情勢等資訊之蒐集、政策指導、研析及運
  用。
二、國際情報合作工作與特別行動計畫先期作業之規劃及執行。
三、國內情報機關情資之交流、研析及運用。
四、視覺化決策輔助分析系統之統合、資料管理、運用及督導。
五、特別行動之任務規劃、協調及督導。
六、特別行動之任務共同作業圖像操作、管控及督導。
七、其他有關特別行動支援事項。

本署設下列組、中心、室、巡防區指揮部及隊：
一、企劃組，分三科辦事。
二、巡防組，分五科辦事。
三、情報組，分四科辦事。
四、後勤組，分四科辦事。
五、通電資訊組，分四科辦事。
六、督察組，分三科辦事。
七、特別行動支援中心，分二科辦事。
八、秘書室，分三科辦事。
九、人事室，分四科辦事。
十、政風室，分二科辦事。
十一、主計室，分四科辦事。
十二、第一至第十三巡防區指揮部。
十三、通資作業隊，得於八中隊內調整辦事。
十四、警衛隊，得於八中隊內調整辦事。

秘書室掌理事項如下：
一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財物、小額採購及其他事務之管理。
三、國會聯絡與媒體公關事務之政策規劃及推動。
四、工友（含技工、駕駛）之管理。
五、不屬其他各組、中心、室、巡防區指揮部及隊事項。

本規程自中華民國一百零七年四月二十八日施行。
本規程修正條文自發布日施行。