綜合規劃組掌理事項如下：
一、本署施政策略、施政計畫、中長程個案計畫之彙辦、管制及評估。
二、海洋生態系管理、海洋保護區域之整合、規劃、協調及推動。
三、海岸與海域管理工作之協調及配合。
四、海洋保育教育宣導之規劃、協調、推動及執行。
五、海洋保育資訊調查之規劃、協調、統計及應用。
六、國際合作與技術交流之規劃、協調、推動及執行。
七、法制、訴願與國家賠償事件之審議及處理。
八、其他有關綜合規劃事項。

海洋生物保育組掌理事項如下：
一、海洋生物多樣性保育與復育政策之整合、規劃、協調、推動及執行。
二、海洋生物外來種防治政策之整合、規劃、協調及執行。
三、海洋非漁業資源保育與管理政策之規劃、協調及執行。
四、海洋生物多樣性種原庫與基因庫設置之研擬、協調及推動。
五、海洋生物巡護、監控、管制與調查之規劃、協調及推動。
六、海洋生物保育法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
七、其他有關海洋生物保育事項。

海洋環境管理組掌理事項如下：
一、海洋環境保護政策之整合、規劃、協調及執行。
二、海洋污染防治政策之整合、規劃、協調及執行。
三、海洋環境管理法規制（訂）定、修正、廢止及解釋之研擬。
四、海洋水質維護策略之擬訂、整合、協調及執行。
五、重大海洋污染事件之應變、協調及督導。
六、海洋環境監測之研擬、規劃、協調及執行。
七、其他有關海洋環境管理事項。

本規程自中華民國一百零七年四月二十八日施行。
本規程修正條文自發布日施行。