本辦法中華民國九十四年十月二十七日修正施行前，有本法第七十八條之 一第六款行為而未經申請許可者，應於本辦法修正後一年內提出申請並補 繳使用費，其逾期未提出申請者，應依本法處分。 前項補繳之使用費，最長以五年為期限。 本辦法中華民國九十四年十月二十七日修正施行前，有本法第七十八條之 一第四款之種植植物行為者，應於本次修正施行後補徵開始使用之日起至 補徵當年期之使用費。

管理機關應於中華民國九十五年十二月三十一日前，對於河川區域內之私 有土地於本辦法中華民國九十二年十二月三日修正施行前有本法第七十八 條之一第四款之種植植物行為者，擬定清查計畫，並於完成清查後通知使 用人限期提出申請。 前項私有地所有權人變更時，應於向地政機關申請辦理移轉登記後，由原 許可使用人向管理機關申報，其屬繼承者，由繼承人辦理之。

各該河川環境管理計畫核定前，河川區域內之許可圍築魚塭、插、吊蚵使 用，以現存之魚塭或插、吊蚵場為限。

管理機關之許可於河川出海口海岸管制區及其他管制區範圍內之河川區域 內使用、開發或修築堤防等行為者，應先會商該管制機關後辦理之。

未經公告河川區域之河川，其應行管理事宜，仍應由該管管理機關依本辦 法之規定辦理。 前項河川之管理範圍，應以河川實際水路所及、土地編定使用及權屬等相 關地籍資料認定。 前項管理範圍內之違法行為，管理機關得先通知行為人限期改善或回復原 狀；逾期仍未改善或回復原狀者，管理機關得依法處罰之。

同一水系流經直轄市及縣 (市) 之河川，原於專責管理機關設立前，委託 其流經之直轄市、縣 (市) 政府辦理河川管理事項者，應依本辦法規定辦 理。

本辦法自發布日施行。