糞尿除農民用作肥料者外，由環保局負責收集、清運、處理。 農會（戶）需作肥料用時，得向環保局申購，申購糞尿得以契約方式為之，並酌收費用。

收集糞尿應依左列規定： 一、出糞式廁所，每隔七輪清運一次；其嚴重妨害衛生者，應限期改建為狢水式廁所。 二、清運糞尿時，住戶應開門指引，並防制家畜之侵害。 三、清運糞尿之容器應加密封或覆蓋，並不得有潑、濺、漏、溢等倩事。 四、清運糞尿時，不得妨礙交通或影響安寧。

申購之糞尿應依左列規定處理： 一、各農會（戶）申購之糞尿，非經腐熟或其他衛生處理，不得供農作物施用。 二、農業區所設之貯糞坑，如臨道路邊或周圍五００公尺範圍內有住戶者，應加覆蓋，並 不得有臭味外溢；其他地區不得設置貯糞坑。

各公私處所，採用狢水式廁所者，其在未設有衛生下水道地區，應設置府合標準之化糞池 ，其排出之穢水並不得污染飲用水水源。排入地面排水溝者，其生化需氧量，不得超過建 築技術規所則定之限值。

各公私處所之化糞池，應由所有人、管理人或使用人，每年不定期清除污物一至二次。 前項污物之清除，得委由公、民營廢棄物清除、處理機構為之。

糞尿與化糞池污物，均應運至本府工務局衛生下水道工程處污水處理廠水肥投入站處理， 不得任意傾倒或投入溝渠河川。

車（船）內廁所之糞尿，應用容器貯存，於停車（船）時，倒於指定之糞尿貯存處所，不 得於行駛途中任意拋棄。