藍色公路專用碼頭分為下列使用方式： 一、停泊船席：供船舶非營運時停靠使用之船席。 二、靠泊船席：供船舶營運時停靠以上下乘客之船席。 藍色公路專用碼頭及前項使用船席，由主管機關公告之。

未經主管機關核准之船舶，不得停、靠泊藍色公路專用碼頭。但中央氣象 局發布颱風警報期間或其他緊急狀況時，得暫時准予繫泊。

藍色公路專用碼頭靠泊船席，平時應保持淨空，不作加油、加水、修護、 補給、休息等使用，僅供經申請核准之船舶載客上下岸使用。 使用藍色公路專用碼頭，以先到先用為原則。每艘船舶載客上下岸作業時 間不得超過三十分鐘，作業完畢即應駛離，不得滯留、休息或妨礙其他船 舶使用。

使用藍色公路專用碼頭不得有下列行為： 一、採捕或養殖水產動植物。 二、排洩有毒物質、有害物質、廢污水、廢油或任意投棄廢棄物。 三、作釣魚、訓練、跳水、游泳或未經核准之水域遊憩活動。 四、其他妨害碼頭安全或污染碼頭之行為。

藍色公路專用碼頭及其附屬設施，非經主管機關許可不准設攤、兜售物品 或放置貨物。

藍色公路專用碼頭得委託民間業者營運管理。

停泊或靠泊藍色公路專用碼頭，應繳交使用費。 前項使用費計收基準，由主管機關定之。

本府因興建公共設施或辦理其他活動，須拆除碼頭或影響藍色公路營運時 ，營運業者應予配合，並納入許可處分之附款。