裁判字號：
臺北高等行政法院 95年度訴字第3103號 行政判決
裁判日期：
民國 96 年 05 月 03 日
案由摘要：
機關團體作業組織所得稅
臺北高等行政法院判決 95年度訴字第03103號
原 告 財團法人恩主公醫院
代 表 人 王○○
訴訟代理人 施博文
被 告 財政部臺灣省北區國稅局
代 表 人 凌忠嫄（局長）住同上
訴訟代理人 張○○
上列當事人間因機關團體作業組織所得稅事件，原告不服財政部
中華民國95年8 月24日台財訴字第09500367060 號（案號：第00
000000號）訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下：
主 文
原告之訴駁回。
訴訟費用由原告負擔。
事 實
一、事實概要：原告辦理民國（下同）92年度教育文化公益慈善
機關或團體及其作業組織結算申報，列報銷售貨物及勞務之
支出新臺幣（下同）1,643,419,809 元，課稅所得額16,713
,731元，經被告查核以其支出中125,934,705 元係原告82至
85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附屬設施、
醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列之折舊費用
及各項攤提，乃予以剔除，核定課稅所得額為142,648,436
元，應補稅額31,483,676元。原告不服，申請復查，經被告
95年6 月19日北區國稅法一字第0950012176號復查決定書駁
回；原告仍不服，向財政部提起訴願，亦遭決定駁回，遂向
本院提起本件行政訴訟。
二、兩造聲明：
㈠原告聲明：訴願決定及復查決定（含原處分）均撤銷。
㈡被告聲明：駁回原告之訴。
三、兩造之爭點：
被告否准系爭折舊費用之列報，於法是否有據？
㈠原告主張之理由：
1.本案爭點為：原告（財團醫療法人）購建醫療大樓、醫療
儀器、交通及辦公設備之固定資產，依法應提列折舊？
⑴遍查「醫療法人財務報告編製準則」第12條第5 項、所
得稅法第24、50條至58條及營利事業所得稅查核準則（
下稱查核準則）第95條規定，原告（醫療財團法人）購
買（建）固定資產均應提列折舊，理由分述如次：
①按設立醫療財團法人慈善團體，須由捐贈人捐贈一定
財產成立基金，並於章程中明定慈善團體解散後剩餘
財產歸屬於政府。慈善團體即以基金、孳息及其他收
入，用於舉辦與其創設目的有關之慈善事業。醫療財
團法人從「基金」支出款項購置固定資產，從事與其
創設目的有關活動，嗣後產生醫療收入時，該固定資
產依法「應」按年提列折舊，方符合成本與收入配合
原則。
②財團法人醫療機構設立後，其重要財產如有增減，應
檢附財產清冊申請行政院衛生署（下稱衛生署）核備
後，向法院辦理變更登記（醫療法第33條），其財產
及基金之管理運用，應受衛生署之監督（醫療法第35
條），原告向衛生署申請轉請財政部同意，延後使用
82年度至85年度結餘款，用於購置醫療用途之建物、
設備。該結餘款所購置之固定資產，經衛生署核准後
，已於92年問向法院辦理基金總額變更登記，原告之
基金總額增加2,164,596,115 元，變更為3,303,774,
202 元，此有衛生署92年4 月11日衛署醫字第092002
0221號函及台灣板橋地方法院核發之法人登記證書可
稽。該結餘款購置之固定資產既屬於財團法人基金總
額一部分，實質上等於從基金支出所購置之固定資產
，依法「應」提列折舊。
③被告亦同意，倘財團法人將82年度至85年度之結餘款
轉列為基金總額，並從基金總額支出款項購置固定資
產，該固定資產應提列折舊。但被告認為本件原告當
時並未將結餘款轉列為基金總額，以結餘款購置之固
定資產，不得提列折舊云云。惟查，原告以結餘款所
購置之固定資產，已全數轉列為財團法人之基金總額
，有變更後之財產總額登記可稽。先將結餘款轉列為
基金總額，從基金中支出購置固定資產；或者先以結
餘款購置固定資產，再將該固定資產轉列為基金總額
，只有先後次序上之差別，就該固定資產屬於基金總
額而言，實質上並無不同。從基金中支出購置之固定
資產，依法既應提列折舊，則原告購置固定資產後再
轉列為基金總額。該固定資產依法亦應提列折舊，否
則即構成不正當之差別待遇，違反租稅公平原則。
④查原告創設目的即在於興建醫院提供醫療服務，82年
度至85年度籌募之款項本用於興建醫院，又衛生署公
告醫療法人每設立一病床應有60萬元之資本額，必要
財產之資本額包括土地、房屋。原告為具有420 床規
模之醫療法人，其必要之資本額（基金總額）約25億
元。結餘款購置之固定資產乃醫院營運必要財產，本
應列入基金總額中。
⑤另依醫療法人財務報告編製準則第12條第5 項規定，
除土地外，固定資產應於耐用年限內，以合理而有系
統之方法，按期提列折舊，並依其性質轉作各期管理
費用或間接醫務成本，不得間斷或減列。因此，被告
否准原告購建固定資產提列折舊，不但無法律依據並
顯已違背前揭醫療法人財務報告編製準則第12條第5
項「固定資產…按期提列折舊…不得間斷或減列」之
規定。
⑵本案系爭被告調整減除原告財團醫療法人固定資產折舊
提列之主要依據為財政部賦稅署84年12月19日台稅一發
第841664043 號函釋（下稱財政部賦稅署84年函釋）規
定之「財團法人醫院……為醫療用途所購置之資產全額
列為購買年度與創設目的活動有關之資本支出者，以後
年度不得再提列折舊」之規定，此與原告運用基金興建
及購買醫療用途之建物、設備產生醫療收入，應依稅法
相關規定按年提列折舊，分屬不同二事，不應混為一談
，且兩者為稅法基於不同規範目的所設之規定，無重覆
提列或雙重優惠之情事。更何況與其本身函釋「財團法
人課稅損益之查核，原則上比照適用查核準則」之規定
（按查核準則規定，固定資產應提列折舊）互相矛盾，
更違背前揭所得稅法第50條至第58條及查核準則第95
條所規定「固定資產每年度『應』提列折舊」之強制規
定。準此，本件應無前揭財政部賦稅署之有關「為醫療
用途所購置之資產……，以後年度不得再提列折舊」函
釋規定之適用：
①原訴願決定謂：「第查……本件82至85年度之結餘款
因未符合前免稅標準第2 條第1 項第8 款前段規定，
遂依同款後段但書規定，申經主管機關核准其82年度
至85年度之結餘款作為建院計劃用途保留款，用以購
建醫療大樓，建物附屬設施、醫療儀器、交通設備及
辦公設備等資產，並已向主管機關報備保留計劃之執
行，其事後執行，僅為成就保留款發生年度之適用免
稅資格，故該保留款之支出性質，自應與其原因發生
年度之支出性質相符，即全部列為與創設目的有關之
支出項目，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除，而
不得再准其任意選擇以分年提列折舊方式認列費用，
以避免雙重之免稅優惠，並以其執行情形審酌該保留
款發生年度（即82至85年度）是否符合免稅標準第2
條第1 項第8 款前段規定而得予免稅。又該結餘款既
為專款專用性質，自應於購建醫療大樓，建物附屬設
施、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資產時，沖轉
該保留款，全額列為資本支出，而不得分年提列折舊
，故無按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減
除之適用。」惟本件醫療財團法人將「銷售貨物或勞
務以外收入」，用於興建購置醫療用途之建物、設備
，應否依稅法相關規定年提列折舊，列為產生醫療收
入（銷售貨物或勞務所得）之成本或費用。至於申請
主管機關同意，延後使用82年度至85年度籌募之款項
乙節，與應否依法按年提列折舊無關。理由分述如次
：
(甲)慈善團體具有代替國家提供公共服務、生活照顧之
功能，且財團法人解散後，其剩餘財產歸國家所有
，故國家給予稅捐優惠。所謂免稅優惠，是指收入
超過支出之款項免稅。例如慈善團體去年度取得10
0 萬元之銷售貨物或勞務以外收入，支出80萬元於
創設目的上，剩餘之20萬元免稅。如去年度僅支出
10萬元於創設目的，支出一時無法逾80% ，而申請
主管機關同意保留於今年度使用，且今年度支出70
萬元以上者，視為慈善團體已於去年度支出80% 以
上，剩餘之20萬元亦免納所得稅。申言之，依教育
文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準（下
稱免稅標準）第2 條第1 項第8 款但書規定，申請
主管機關函請財政部同意，保留於日後使用於創設
目的上，屬「附條件免納所得稅」（非被告所稱「
當然免稅」），如慈善機關保留之款項嗣後支出80
% 以上（以該特定年度收入比例計算），則視為該
特定年度之支出比例符合規定，剩餘20% 款項免納
所得稅，以此類推。
(乙)以本件而言，若原告之建院計畫提早於82年度支出
，或提早付款給承包商，或先向金融機構融資並以
籌募之款項償還，或者將籌募之款項逐年登記財團
法人基金總額中，其支出可達各該年度款項之80%
以上，而無庸申請主管機關核准同意延後使用。在
無庸申請主管機關同意延後使用之情形，問題仍然
相同，亦即用80萬元之「銷售貨物或勞務以外收入
」，用於興建購置醫療用途之建物、設備，嗣後產
生醫療收入（銷售貨物或勞務所得），該固定資產
應否依稅法相關規定按年提列折舊。足見本案實與
主管機關同意延後使用82年度至85年度籌募之款項
無關。更何況，縱是符合促進產業升級條例或獎勵
投資條例之企業，運用5 年免稅產品收入所購買之
機器設備等固定資產，依法仍應提列折舊。從未聽
聞稅務稽徵機關以「有雙重優惠免稅之虞，否准折
舊之提列」。
②綜上小結，原告運用基金興建及購置醫療用途之建物
、設備而產生醫療收入，應依稅法規定按年提列折舊
，不得間斷，與82年度至85年度延後保留結餘款，分
屬不同兩事，且為稅法基於不同規範目的所設之規定
，並此重複提列或雙重優惠之情事。被告誤援用與本
案無關之財政部賦稅署84年函釋規定，否准原告固定
資產提列折舊，其認事用法，顯有違誤。
2.前揭財政部賦稅署84年函釋之客體與目的，與本案截然不
同，本案無適用該函釋之餘地：
⑴被告援引之財政部賦稅署84年函釋會議紀錄第5 點載明
：「（一）財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院
依免稅標準第2 條之1 計算課稅所得額時，其為醫療用
途新購置之建物、設備等資產，應比照適用所得稅法相
關規定按年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本或費
用。上開資本支出如與其創設目的活動有關，得選擇按
年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除，或全額
列為購年度與其創設目的活動有關之資本出支出，自銷
售貨或勞務之以外之收入中減除：上開醫院計算課稅所
得額如選擇按年提列折舊，其依免稅標準第2 條第1 項
第8 款規定計算支出比例時，得適用財政部71年12月10
日台財稅字第38931 號函說明7 之規定（下稱71年函釋
）。（二）前開醫院當年度為醫療用途新購置之建物、
設備等資產有多項時，與其創設目的活動有關部分，得
就全部或部分選擇按年提列折舊或全額列為購置年度與
其創設目的活動有關之支出。（三）財團法人醫院或財
團法人附屬作業組織之醫院為醫療用途購置之資產全額
列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以
後年度不得再提列折舊。」
⑵財政部賦稅署84年函釋內容有下列3 點值得注意：
①財政部賦稅署84年函釋解釋之法令為免稅標準第2 條
之1 ，針對之客體為剩餘所得應予課稅之「銷售貨物
及勞務收入」，亦即財團法人醫院以銷售貨物或勞務
之收入，購置醫療用途之建物或設備等固定資產。
②免稅標準第2 條之1 規定，財團法人醫院銷售貨物或
勞務收入，扣除成本或費用後之所得應繳納所得稅，
但如銷售貨物及勞務以外收入不足以支應與創設目的
有關活動之支出時，得將該支應不足部分扣除。將財
政部賦稅署84年函釋內容與免稅標準第2 條之1 條規
定相互對照可知，財政部賦稅署84年函釋之目的在於
賦予醫院更大彈性。蓋以銷售貨物或勞務之收入，用
於購置醫療用途之建物與設備等資產，本應比照適用
所得稅法相關規定按年提列折舊，列為銷售貨物或勞
務之成本或費用。但財政部賦稅署84年函釋給與醫院
選擇按年提列折舊，或全額列為購置年度與其創設目
的活動有關之資本支出之彈性，且購置多項資產時，
可全部或部分選擇。
③倘醫院以銷售貨物或勞務之收入，購置醫療用途之建
物或設備等固定資產，選擇全額列為購置年度與其創
設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列
折舊，如選擇按年提列折舊者，計算與創設目的有關
之活動之支出比例，仍得適用71年函釋說明7 ，得列
為資本支出計算之。
⑶本件與財政部賦稅署84年函釋之情形截然不同：
①本件為財團法人醫院以籌募之款項（銷售貨物或勞務
以外收入，支出剩餘所得免繳納所得稅）購置醫療用
途之建物或設備等固定資產，與財政部賦稅署84年函
釋之客體（銷售貨物或勞務收入）剛好相反。
②財政部賦稅署84年函釋之目的在於給與醫院較大彈性
，當醫院以「銷售貨物或勞務收入」購置與創設目的
有關之固定資產者，醫院可以選擇。但本件「銷售貨
物或勞務以外收入」，該收入本應用於與創設目的有
關活動之支出，並無給與選擇彈性之必要與可能。
⑷綜上所述，前揭財政部賦稅署84年函釋之客體與目的與
本案情形截然不同，本案應無適用該函釋之餘地。
3.按稅法規定申報，並無重複提列或雙重優惠之問題：
⑴免稅固為優惠，但提列折舊列為收入之成本，乃所得稅
法第24條、第50條至第58條及查核準則第95條之明文規
定，並非優惠，合先敘明。
⑵原告為建院經費於82年度至85年度籌募款項，假如在82
年度至85年度間購置固定資產達80% ，其所購置之固定
資產應按年提列折舊，剩餘之款項則免納所得稅，但免
納所得稅之款項日後購置固定資產，亦應按年提列折舊
。今僅因建院計畫支出款項之高峰期為86、87年度，籌
募之款項當時尚未支出達各年度收入之80% 以上，因而
申請主管機關同意延後使用而已。而醫院須運用固定資
產始能產生銷售貨物或勞務收入，依所得稅法第24條、
第50條至第58條及查核準則第95條規定，固定資產應按
年提列折舊，列為銷售貨物或勞務之成本或費用。上開
規定，乃稅法基於不同目的、針對不同階段所為之規範
，並無重複提列，雙重優惠之問題。
⑶被告稱：原告建院之款項因保留而享有免納所得稅優惠
，故以該款項購置之固定資產，不能再按年提列折舊，
避免重複提列、雙重優惠云云，顯有誤解。蓋以：
①如前所述，本案關鍵在於以「銷售貨物或勞務以外收
入」購置固定資產，應否依法按年提列折舊，而與「
保留」延後使用無關。蓋「保留」之意義僅在於，日
後按計畫支出達一定比例者，則視為被保留之年度之
支出符合規定，致剩餘所得免納所得稅而已。
除非被告否認慈善團體今年度取得100 萬元之銷售貨
物或勞務以外收入，支出80萬元購置固定資產，該價
值80萬元之固定資產不能按年提列折舊，免稅之20萬
元日後用於購置固定資產，不能按年提列折舊。否則
本年度購置與次年度購置，均依法應按年提列折舊，
並無不同。
②又現行法律基於特定政策目的給與免稅稅捐優惠者，
以該免稅款項購置固定資產，均應按年提列折舊。例
如，促進產業升級條例規定新興重要策略性產業、特
定製造業或服務業得5 年免納營利事業所得稅（第9
條、第9 條之2 ）；獎勵民間參與交通建設條例規定
受獎勵之機構5 年免納所得稅（第28條）；促進民間
參與公共建設法獎勵民間機構特定年限免納所得稅（
第36條）等，該受獎勵免納所得稅之營利事業，如將
該免納所得稅之款項用於購置固定資產，嗣後因該固
定資產產生之收入，仍應依稅法相關規定按年提列折
舊，並未受到限制。足見被告所謂「已免稅之款項購
置固定資產不能再列折舊」之見解，不僅毫無依據，
且違反租稅公平，亦違反租稅法定原則。
③此外，財政部84年10月18日台財稅字第84165319號函
釋，於說明二載明：「……該等機關團體於計算上開
不足支應金額時，有關銷售貨物或勞務以外之收入中
，如有依相關法律規定免納所得稅之平均地權債券利
息及公共建設土地債券利息暨依所得稅法第42條規定
免計入所得稅課稅之投資收益等免稅收入，准自銷售
貨物或勞務以外之中減除。」甚至財政部賦稅署84年
函釋亦載明「上開醫院計算課稅所得額如選擇按年提
列折舊，其依免稅標準第2 條第1 項第8 款規定計算
支出比例時，得適用71年函釋說明7 」，足見依據不
同法令分別適用相關規定，並無重複提列或雙重優惠
之問題。
⑷綜上所述，被告認為「已免稅之款項購置固定資產不能
再提列折舊」，不僅毫無法律依據，且違反租稅公平，
亦違反租稅法定原則。
4.所得稅法第24條明定，計算課稅額時，應以收入減除各項
成本或費用，不能僅考量收入而不計入產生該收入之成本
或費用，「收入與成本配合原則」乃相連之權利義務，依
司法院釋字第385 號解釋：「法律所訂定之事項或權利義
務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務之平衡，
當不得任意割裂適用」。原告籌募之款項購置固定資產，
以提供醫療服務，產生醫療收入。該固定資產醫療收入之
成本或費用，而固定資產應按年提列折舊，本應無爭議。
5.另查，不論是營利事業法人或慈善團體法人，其資本額或
基金乃其營運之資產，並無課徵所得稅之問題。以資本額
或基金購置固定資產，運用固定資產產生收入，該固定資
產應按年提列折舊。原告82年度至85年度保留之款項，均
已納入基金總額中。如採被告之見解，認為以基金購置之
固定資產不能按年提列折舊，則原告所處之地位連營利事
業法人尚有不如，遑論優惠。蓋營利事業法人以其非營利
之財團法人，以基金購置之固定資產竟不能列折舊，輕重
顯有失衡。
6.綜上所論，被告援引之財政部賦稅署84年函釋與本案情形
截然不同，本案應無適用該函釋之餘地。被告忽略財團法
人醫院銷售貨物或勞務以外收入，用於購置固定資產，則
嗣後計算銷售貨物或勞務收入之課稅額時，本應依稅法相
關規定按年提列折舊。被告否准原告依法提列折舊，顯已
違法。謹請鈞院撤銷原處分及訴願決定，准予原告依法提
列折舊，以維護原告租稅權益。
7.被告援引前揭財政部賦稅署84年度函釋「醫療設備不准提
列折舊為補稅唯一依據，違背所得稅法（母法）第51條及
查核準則第95條固定資產應提列折舊」之強制規定，依憲
法第172 條「命令與法律牴觸者無效」，故無效命令所為
處分係違法處分，應予撤銷。
⑴遍查所得稅法及其法令規定，除乘人小客車有折舊限額
之規定外，並無法令限制法人不准固定資產提列折舊之
明文規定，換言之，固定資產提列折舊係法律強制規定
，如有違背致財務報表不實者，尚有商業會計法特別刑
罰之處罰，合先敘明。
⑵被告援引補稅之唯一依據為前揭財政部賦稅署84年函釋
，姑且不論該函釋適用情形，與本案原告「非銷售貨物
與勞務收入（亦即來自捐贈收入）截然不同，縱是適用
，該函釋決議（四）「……其為醫療用途新購置之建物
、設備等資產，應比照適用所得稅法相關規定按年提列
折舊，……」另決議（七）「財團法人課稅損益之查核
原則上比照適用一般營利事業查核準則之規定，不再另
行訂定適用於機關之查核準則。」準此，如前揭所得稅
法第51條及查核準則第95條規定購建醫療用途之固定資
產應提列折舊。因此，被告斷章援引補稅之財政部函釋
，本身不但彼此自相矛盾且違背所得稅法（母法）之規
定，該財政部函釋之顯然違法，被告以違法之函釋補稅
之處分係違法之行政處分，應予撤銷。
8.被告之處分援引非法律依據之財政部賦稅署函釋補稅，顯
然違背中央法規標準法第5 條第2 項「關於人民之權利、
義務者應以法律定之」規定及同法第6 條「應以法律規定
之事項，不得以命令定之」之規定。
⑴按憲法保留給法律規定之事項，行政機關不得自為規定
，此為中央法規標準法第5 條第2 項「關於人民之權利
、義務者，應以法律定之。」
⑵如前述，本案被告補稅之唯一依據僅為財政部84年函釋
規定，該函釋規定本質上並非法律，準此，被告之處分
顯已違背前揭中央法規標準法第5 條第2 項規定及同法
第6 條「應以法律規定之事項，不得以命令定之」之規
定。
9.被告之處分，違背行政法第6 條「禁止差別待遇」之原則
。
⑴按營利事業符合原獎勵投資條例或促進產業升級條例享
有4 年（或5 年）所得稅免稅，再以免稅所得購置固定
資產，依前揭所得稅法第51條及查核準則第95條規定，
應提列折舊，亦為被告所不否認且一直是稅捐稽徵機之
查稅慣例。
⑵被告僅以原告「可能享有雙重優惠」似是而非之理由逕
自否准原告依法應就醫療設備提列折舊金額，並據以補
徵鉅額稅負，令非營利之財團法人之原告所處之地位連
營利法人尚有不如，遑論優惠，除輕重失衡外，被告之
處分，顯已違背前揭行政法第6 條「禁止差別待遇」之
規定。
10.退一步而言，原告已於系爭年度保留結餘款經主管機關衛
生署於92年4 月11日衛署醫字第0920020221號函及台灣板
橋地方法院核准列入基金總額，並辦妥法人登記證書，該
結餘款購置之固定資產屬於原告財團法人基金總額之一部
分，此亦為被告所不否准，因此，至少應自92年4 月11日
起，本案系爭固定資產依法應准於提列折舊，才符合課稅
慣例和比例原則，並「與基金支出所購置固定資產准於提
列折舊」相同待遇。
11.原告後來已將保留結餘款轉為基金的性質，原告簽證會計
師申報後發現有問題，因此主動幫助原告提出更正申請。
本案的保留結餘款轉為基金，然後再購買固定資產，課稅
實務上都是允許提列折舊，每個年度大約有幾千萬元。
12.經過原告的調查，其他的稽徵機關（如台北市國稅局）並
不認為不能提列折舊。而高等及最高行政法院都沒有類似
的案例，顯然只有被告有不同的見解。
㈡被告主張之理由：
1.按「左列各種所得，免納所得稅……十三、教育、文化、
公益、慈善機關或團體，符合行政院規定標準者，其本身
之所得及其附屬作業組織之所得。」為所得稅法第4 條第
1 項第13款所明定。次按「教育、文化、公益、慈善機關
或團體符合下列規定者，其本身之所得及附屬作業組織之
所得，除銷售貨物或勞務之所得外，免納所得稅：……八
、其用於與其創設目的有關活動之支出，不低於基金之每
年孳息及其他各項收入70% 。但經主管機關查明函請財政
部同意者，不在此限。」為免稅標準第2 條第1 項第8 款
所規定。又財政部90年1 月10日台財稅第0890458465號函
釋：「有關適用『教育文化公益慈善機關或團體免納所得
稅適用標準』第2 條第1 項第8 款但書規定之教育、文化
、公益、慈善機關或團體，其結餘款若有未依其報經核准
之計劃使用者，稽徵機關應就全部結餘款依法核課所得發
生年度之所得稅，惟該結餘款中已依同標準第2 條之1 （
現行標準第3 條）第1 項規定課徵所得稅部分應予扣除。
」及財政部賦稅署84年12月19日台稅一發第841664043 號
函釋：「決議1.財團法人醫院或財團法人附屬作業組織醫
院依免稅標準第2 條之1 （現行標準第3 條）計算課稅所
得額時，其為醫療用途新購置之建物、設備等資產，應比
照適用所得稅法相關規定按年提列折舊，列為銷售貨物或
勞務之成本費用。上開資本支出如與其創設目的活動有關
，得選擇按年提列折舊，自銷售貨物或勞務之收入中減除
，或全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支出
，自銷售貨物或勞務以外之收入中減除；上開醫院計算課
稅所得額如選擇按年提列折舊，其依免稅標準第2 條第1
項第8 款規定計算支出比例時，得適用財政部71年12月10
日台財稅第38931 號函說明7 規定。2.前開醫院當年度為
醫療用途新購置之建物、設備等資產有多項時，其與創設
目的活動有關部分，得就全部或部分選擇按年提列折舊或
全額列為購置年度與其創設目的有關活動之支出。3.財團
法人醫院或財團法人附屬作業組織醫院為醫療用途所購置
之資產全額列為購置年度與其創設目的活動有關之資本支
出者，以後年度不得再提列折舊。」
2.本件原告92年度機關團體作業組織所得稅結算申報列報收
入1,731,443,413 元、支出1,643,419,890 元及餘絀數16
,713,731元，經被告查核以其支出中125,934,705 元係原
告82至85年度結餘款經核准保留所購建醫療大樓、建物附
屬設施、醫療儀器、運輸設備及辦公設備等資產按年提列
之折舊費用及各項攤提，乃予以剔除，核定課稅所得額14
2,648,436 元。原告不服，主張該項購建完成之資產應依
相關規定提列折舊，以符合成本收入配合原則及權責發生
制之規定，經被告復查決定以原告82至85年度之結餘款係
經專案保留至以後年度使用，其實現年度非結餘款發生年
度，惟其係與創設目的有關之支出項目，且為專款專用性
質，自應於購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、運
輸設備及辦公設備等資產時沖轉該保留款，全額列為資本
支出，以後年度不得再提列折舊，並經財政部訴願決定駁
回在案，原核定並無不合。
3.原告仍執前詞爭執外，復主張：
⑴原告購建醫療大樓、醫療儀器、交通及辦公設備之固定
資產，應准予提列折舊。
⑵被告調整減除原告固定資產折舊提列之主要依據為財政
部賦稅署84年12月19日台稅一發第841664043 號函釋規
定之「財團法人醫院……為醫療用途所購置之資產全額
列為購買年度與創設目的活動有關之資本支出者，以後
年度不得再提列折舊。」之規定，與原告運用基金興建
及購買醫療用途之建物、設備產生醫療收入，依稅法相
關規定，應按年提列折舊，分屬不同兩事，不應混為一
談，且兩者為稅法基於不同規範目的所設之規定，無重
複提列或雙重優惠之情事，亦違背所得稅法第50條至第
58條及營利事業所得稅查核準則第95條所規定「固定資
產每年度應提折舊」之強制規定，準此，本件應無前揭
財政部賦稅署有關「為醫療用途所購置之資產……以後
年度不得再提列折舊。」函釋規定之適用。
⑶所得稅法第24條明定，計算課稅額時，應以收入減除各
項成本或費用，不能僅考量收入而不計入產生該收入之
成本或費用，「收入與成本配合原則」乃相連之權利義
務，依司法院釋字第385 號解釋：「法律所定之事項或
權利義務相關連者，本於法律適用之整體性及權利義務
之平衡，當不得任意割裂適用。」原告籌募之款項購置
固定資產，以提供醫療服務，產生醫療收入。該固定資
產為醫療收入之成本或費用，而固定資產應按年提列折
舊，本應無爭議。
⑷不論是營利事業法人或慈善團體法人，其資本額或基金
乃其營運之資產，並無課徵所得稅之問題。以資本額或
基金購置固定資產，運用固定資產產生收入，該固定資
產應按年提列折舊。原告82年度至85年度保留之款項，
均已納入基金總額中。如採被告之見解，認為以基金購
置之固定資產不能提列折舊，則原告所處地位連營利事
業法人尚有不如，遑論優惠。蓋營利事業法人以其資本
總額購置固定資產，應依法按年提列折舊，原告為非營
利之財團法人，以基金購置之固定資產，竟不能提列折
舊，輕重顯有失衡等語，資為爭議。
4.經查：
⑴原告82至85年度之結餘款因未符合免稅標準第2 條第1
項第8 款前段規定，遂依同款後段但書規定，申請結餘
經費核准作為建院計畫用途保留款，用以購建醫療大樓
、建物附屬設施、醫療儀器、交通設備及辦公設備等資
產，並向主管機關報備保留計畫之執行，其事後之執行
，僅為成就保留款發生年度之適用免稅資格，故該保留
款之支出性質，自應與其原因發生年度之支出性質相符
，即全部列為與創設目的有關之支出項目，自銷售貨物
或勞務以外之收入中減除，而不得再准其任意選擇以分
年提列折舊方式認列費用，以避免雙重之免稅優惠，並
以其執行情形審酌該保留款發生年度（即82至85年度）
是否符合免稅標準第2 條第1 項第8 款前段規定而得予
免稅；是原告82至85年度結餘款延後作為與創設目的有
關活動之建院計畫用途支出，免受免稅標準第2 條第1
項第8 款前段規定之限制，而免於核課所得稅，該專案
保留款核屬專款專用性質，故該等保留款依核准之計畫
於以後年度購建醫療大樓、建物附屬設施、醫療儀器、
交通設備及辦公設備等資產時，自應沖轉該保留款，全
額列為資本支出，而不得分年提列折舊，當無按年提列
折舊，自銷售貨物或勞務收入中減除之適用，被告參照
財政部賦稅署84年函釋：「財團法人醫院或財團法人附
屬作業組織醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置
年度與其創設目的活動有關之資本支出者，以後年度不
得再提列折舊，故無所請提列之折舊，再自銷售貨物或
勞務收入中減除之適用。」剔除其折舊費用，並無不合
。
⑵又原告82至85年度之支出因未符合免稅標準第2 條第1
項第8 款前段規定，原應課徵所得稅，其依同款後段但
書規定，申請將結餘經費核准作為建院計畫用途保留款
，用以購建前揭資產，並已向主管機關報備保留計畫之
執行，同時視為保留款發生年度（即82至85年度）之創
設目的有關活動之支出，以符合免稅之規定，俟後如再
允許提列前揭固定資產折舊，自有重複列報之嫌，違反
租稅公平原則。至賦稅署函釋考量為免影響財團法人醫
院或財團法人附屬作業組織醫院業務之運作、對公益活
動及社會福利之推展，允許將資本支出提前全額認列或
按年提列折舊，僅可擇一適用，避免同一支出項目重複
認列，係符合目的性之解釋，與司法院大法官議決釋字
第420 號及第496 號：「涉及租稅事項之法律，其解釋
應本於租稅法律主義之精神：依各該法律之立法目的，
衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之。」等解
釋文精神，並無不合。
⑶又「行政主管機關就行政法規所為之釋示，係闡明法規
之原意，固應自法規生效之日起有其適用。」司法院大
法官會議議決釋字第287 號所解釋；上揭財政部賦稅署
84年函釋所認「財團法人醫院或財團法人附屬作業組織
醫院為醫療用途所購置之資產全額列為購置年度與其創
設目的活動有關之資本支出者，以後年度不得再提列折
舊，故無所請提列之折舊，再自銷售貨物或勞務收入中
減除之適用。」乃在闡釋法規原意，被告逕予適用，亦
無不合。原告所訴核不足採，請予維持。
5.原告是將82年到85年度的結餘款係經專案保留至以後年度
使用，其實該年度並非結餘款發生年度，為其係與創設目
的有關之支出項目，且為專款專用性質，應於購建大樓、
醫療儀器等資產時沖轉該保留款，全額列為資本支出，以
後年度就不得再提列折舊。
6.原告申報提列的折舊數，經過簽證會計師的報告中作帳外
調減系爭折舊費用，所以原告應該很清楚其中的因果關係
。被告是按照原告申報數來核定應退稅額，並未調整任何
科目或金額。
理 由
甲、程序方面：
一、本件訴訟程序進行中，原告之代表人已由陳献宗變更為甲○
○，茲由新任代表人具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准
許。
二、本件與本院95年度訴字第2554號事件，兩造均屬相同，所涉
爭點亦屬相同，爰合併辯論分別判決，合先敘明。
乙、實體方面：
一、原告起訴主張：原告82年度至85年度保留之款項，均已納入
基金總額中，用以購建醫療大樓、醫療儀器、交通及辦公設
備之固定資產，依收入及成本費用配合原則，無不准提列折
舊之理，詎被告依財政部賦稅署84年函釋予以否准，於法無
據，為此訴請如聲明所示云云。
二、被告則以：原告82至85年度之支出因未符合免稅標準第2條
第1項第8款前段規定，原應課徵所得稅，其遂依同款後段但
書規定，申請將結餘經費核准作為建院計劃用途保留款，用
以購建前揭資產，並已向主管機關報備保留計劃之執行，同
時視為保留款發生年度（即82至85年度）之創設目的有關活
動之支出，以符合免稅之規定，俟後如再允許提列前揭固定
資產折舊，自有重複列報之嫌，違反租稅公平原則等語置辯
，求為判決駁回原告之訴。
三、按所得稅法第4 條第1 項第13款規定：「左列各種所得，免
納所得稅……十三、教育、文化、公益、慈善機關或團體，
符合行政院規定標準者，其本身之所得及其附屬作業組織之
所得。」又按行政院依上開授權制訂之行為時教育文化公益
慈善機關或團體免納所得稅適用標準第2 條第1 項第8 款規
定：「教育、文化、公益、慈善機關或團體符合下列規定者
，其本身之所得及其附屬作業組織之所得，除銷售貨物或勞
務之所得外，免納所得稅：……八、其用於與其創設目的有
關活動之支出，不低於基金之每年孳息及其他各項收入70﹪
。但經主管機關查明函請財政部同意者，不在此限。」第2
條之1（92 年3 月26日修正公布為第3 條）：「符合前條規
定之教育、文化、公益、慈善機關或團體，其銷售貨物或勞
務之所得，除銷售貨物或勞務以外之收入不足支應與其創設
目的有關活動之支出時，得將該不足支應部分扣除外，應依
法課徵所得稅。」
四、本件兩造不爭以下之事實，並有如下之證據，業經本院依職
權調取本院95年度訴字第2554號事件卷宗可稽，堪認為真實
：
㈠原告82、83、84及85年度支出均未達收入80%，經衛生署查
復，財政部核准其結餘經費276,455,284元、528,430,020元
562,465,347元及674,327,818元（合計2,041,678,469元）
分別留供83、84-86、85-86及86年度依計畫使用，此有財政
部核准函4 件在本院95年度訴字第2554號事件之原處分卷頁
166 以下。
㈡原告於87年7月30日函請衛生署將核銷上開保留結餘使用計
劃及執行情形送請財政部辦理，此有原告函及衛生署函在同
上卷頁161 以下。
㈢原告於92年間以財產總額增加2,164,596,115元（其中87 年
增加122,917,646元，上開保留結餘所購設備轉入增加2,041
,678,469 元），報請衛生署核備，並向台灣板橋地方法院
申請變更登記財產總額，此有財產清冊、財產總額異動表、
衛生署函、法人登記證書在同上卷頁152 以下。
五、是本件之爭執，在於被告否准系爭折舊費用之列報，於法是
否有據？
六、經查：
㈠本件首應論究者，在於為何在財務會計及稅務會計上均承認
折舊費用之認列。按成本收益配合原則為基本會計原則之一
，係指當某項收益已經在某一會計期間認列時，所有與該收
益之產生有關的成本均應在同一會計期間轉為費用，以便與
收益配合而正確計算損益。在衡量損益時，首先，應決定成
本是否已經消耗，未耗成本因仍具有未來經濟效益，屬於資
產，已耗成本則應轉銷；其次，應決定成本是如何消耗的，
因主要營業活動而消耗者而費用，因附屬性活動或其他事項
、情況等而消耗者為損失。
㈡已耗成本與收益配合的方法，通常視收益與成本是否能夠直
接認定其因果關係及該成本是否會產生未來收益，而分為三
種：
1.凡收益與成本能夠直接認定其因果關係者，則當收益認列
，產生該收益之成本亦應轉為費用，例如直接原料、直接
人工成本等。
2.當收益與成本沒有直接可認定的因果關係，但能確知成本
會產生未來收益時，則以合理而有系統的方法，將成本分
攤於各受益期間。例如固定資產之購置，其效用及於以後
各年，則以折舊的方式將固定資產的成本在使用各期間轉
為費用。
3.至於收益與成本間既無直接因果關係可循，又無預期未來
經濟效益可作為分攤成本之依據者，則成本應在發生期間
立即轉為費用，例如職員薪水、銷售費用等。
㈢關於㈡2.所述，茲進一步詳論之。一般而言，企業購置廠房
設備等營業用資產，並不是要購買該資產之物質本身（例如
1 部機器），而是要購買該資產所包含的服務潛能或經濟效
益。因此，一部機器可以視為是一組未來經濟效益的集合體
。機器的成本實即為這些未來經濟效益的成本。這些未來經
濟效益或服務潛能將隨著時間的經過，或資產的使用而逐漸
消耗。當服務潛能消耗時，如果預期的經濟效益實現，則產
生收益，如果預期的經濟效益未實現（例如資產閒置），則
無收益發生。不論有無收益產生，凡是已耗之服務潛能或經
濟效益，因為已不再具有資產之性質（必須具有未來經濟效
益才算資產），其成本即應轉為費用，以與其所產生之收益
配合，俾計算損益。使用資產之服務潛能所產生的收益如果
大於所耗之成本，則有利益，反之，則有虧損。此乃會計上
成本與收益配合原則的應用。
㈣折舊乃是將資產之已耗成本攤入各使用期間之過程，前已言
之，因此，要決定每年（期）應計提多少折舊，就應先知道
全部耗用之成本有多少？在多長期間內消耗？以及應該用什
麼方法把全部耗用成本分攤於耗用期間？換言之，每期折舊
之計算，決定於：
1.成本：此為實際數。
2.估計殘值：指設備資產在預期使用年限終了加以處分時，
估計所能得到的淨現金，亦即估計售價減處分成本。
3.估計耐用年限：此亦為估計數。
4.折舊方法。
㈤本件兩造不爭原告所列報的折舊費用，係就其財產目錄及資
產負債表所列之固定資產依其耐用年限而予以提列者，就一
般情形而言，就其已耗之成本固應准許轉為費用，以與其所
產生之收益相配合。然而，本件要續予論究者，在於原告支
出之成本是否已經在以前年度被認列費用？
㈥查原告82至85年度支出，因未符合免稅標準第2 條第1 項第
8 款前段規定，用於與其創設目的有關活動之支出，不低於
基金之每年孳息及其他各項收入70% 之規定，乃報經衛生署
轉請財政部核准其結餘經費合計2,041,678,469 元，分別留
供83、84-86 、85-86 及86年度依計畫使用，已如理由四㈠
所述；而原告主張之折舊費用，即係以上開結餘經費購置之
固定資產所攤銷者，亦如理由四㈡所述，且均為兩造所不爭
，因此可見上開用以購置固定資產之結餘款，係本來在82至
85年度未實際支出之費用，依法本不得列為費用列報，而應
按減除其實際支出費用後之餘額納稅，惟因免稅標準第2 條
第1 項第8 款但書「但經主管機關查明函請財政部同意者，
不在此限。」之規定，而准其保留至以後年度支出，因此在
82至85各該年度，這些未實際支出之數額，已當作支出費用
經被告同意認列了，易言之，就系爭固定資產而言，其已耗
成本早在其購置之前即已被全數認列為費用，因此縱使其未
來可以產生收益，亦無從亦不得再攤入各使用期間，原告再
主張92年度折舊費用之認列，無異將一項費用支出，對應二
收入，重複減除，有違實質課稅之公平原則。
㈦至原告主張其按行為時醫療法第33條第1 項「財團法人醫療
機構，於財團法人設立登記後，其不動產或重要財產如有增
減，應於每年年度結束三個月內，檢同財產變更清冊，報請
中央衛生主管機關核備後，向該管法院辦理變更登記。」之
規定及第35條財團法人醫療機構財產及基金之管理使用，應
受中央衛生主管機關之監督……」之規定，業已於92年間以
上開保留結餘所購設備轉入增加2,041 ,678,469元，報請衛
生署核備，並向台灣板橋地方法院申請變更登記財產總額，
，該固定資產實質上等於從基金支出所購置者，被告已無不
許認列折舊費用之理云云，然查，上開醫療法之規定，係在
規範財團法人醫療機構財產及資金之管理使用，原告以82至
85年度之結餘款所購置之固定資產，自屬原告之財產，應依
醫療法之規定管理使用，並向法院辦理變更登記，至於該等
固定資產得否提列折舊費用，則回到前述，如果不是用結餘
款購置的，依法必須認列，如果是用結餘款購置的，則應已
在82至85年度認列為費用，自不許重複認列。原告又主張被
告既無不許從基金中支出購置固定資產，提列折舊費用，則
原告先將結餘款轉列為基金總額，從基金中支出購置固定資
產，或先將結餘款購置固定資產，再將該固定資產轉列為基
金總額，只是先後順序不同而已，無差別待遇之理云云，查
原告如不將結餘款直接用於購置固定資產，而先將之轉列為
基金總額，則已違反財政部依前揭免稅標準核准保留之範圍
，其82至85年度之結餘款自不得再視作已支出之費用，依法
應予補稅，苟原告就82至85年度依實際費用支出補稅後，原
告以基金總額中用以購置固定資產之支出，依法自無不許其
依耐用年限予以攤提，只是如此對於原告更加不利而已，是
原告此一主張，顯屬曲解法令，不足採信。
七、綜上所述，原告之主張，無可採信，被告原核定，認事用法
，俱無違誤，復查決定及訴願決定遞予維持，亦無不合，原
告徒執前詞，訴請撤銷，為無理由，應予駁回。
八、兩造其餘之陳述，於判決結果不生影響者，不予一一論述，
併予敘明。
據上論結，本件原告之訴為無理由，爰依行政訴訟法第98條第3
項前段，判決如主文。
中 華 民 國 96 年 5 月 3 日
第五庭審判長法 官 張 瓊 文
法 官 蕭 忠 仁
法 官 王 碧 芳
上為正本係照原本作成。
如不服本判決，應於送達後20日內向本院提出上訴狀並表明上訴
理由，如於本判決宣示後送達前提起上訴者，應於判決送達後20
日內補提上訴理由書（須按他造人數附繕本）。
中 華 民 國 96 年 5 月 3 日
書記官 徐 子 嵐
資料來源：
司法院