- 中華民國106年7月27日衛生福利部衛授疾字第1060100873號令修正發布全文十一條,自107年1月1日施行
- 中華民國102年10月17日衛生福利部部授疾字第1020103431號令修正發布第二條、第十八條條文
- 中華民國100年8月12日行政院衛生署署授疾字第1000100697號令修正發布第二條、第四條條文
- 中華民國97年9月25日行政院衛生署署授疾字第0970001098號令修正發布第二條、第四條、第十九條條文,除第四條條文自98年1月1日施行者外,其餘自發布日施行
- 中華民國97年1月7日行政院衛生署署授疾字第0960001352號令修正發布第一條、第二條、第五條、第七條、第八條;並刪除第九條、第十六條、第十七條條文
- 中華民國95年5月12日行政院衛生署署授疾字第0950000350號令修正發布第二條、第六條、第七條、第十七條及第十八條條文
- 中華民國93年11月10日行政院衛生署署授疾字第0930001084號令修正發布名稱及全文十九條(原名稱:國際港埠檢疫費用徵收辦法)
- 中華民國90年2月27日行政院衛生署衛署疾管字第0900011941號令訂定發布全文二十五條,並自90年3月1日起施行