本署設下列組、室： 一、綜合規劃組，分四科辦事。 二、通關業務組，分四科辦事。 三、關務查緝組，分六科辦事。 四、稽核業務組，分四科辦事。 五、稅則法制組，分五科辦事。 六、關務資訊組，分六科辦事。 七、秘書室，分五科辦事。 八、人事室，分三科辦事。 九、政風室，分二科辦事。 十、會計室，分三科辦事。 十一、統計室，分三科辦事。 十二、督察室，分四科辦事。

綜合規劃組掌理事項如下： 一、國際關務相關業務之執行及國際組織活動之參與。 二、年度施政方針、年度施政計畫、中程施政計畫、先期作業、中長程個案計畫之研擬、規 劃及協調。 三、施政報告、重大個案計畫之管制、考核及評估。 四、研究發展工作之規劃、研析、推動及管考。 五、出版品之審核及評估。 六、特別關稅相關事項。 七、其他有關綜合規劃事項。

通關業務組掌理事項如下： 一、通關業務政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及相關業務之督導。 二、進口、出口、轉口、轉運貨物（櫃）通關業務。 三、快遞貨物通關業務。 四、郵遞物品通關業務。 五、出、入境旅客行李通關業務。 六、通關相關業者管理法規訂修之研議。 七、規費之徵收、代徵及邊境管理代辦事項。 八、關稅配額政策及法令之研擬。 九、優質企業制度之規劃及管理。 十、其他有關通關業務事項。

稽核業務組掌理事項如下： 一、估價制度、法令之研擬及相關業務之督導。 二、進口貨物國內外價格資料庫之規劃及管理。 三、貨物估價預先審核案件之處理。 四、事後稽核業務之規劃、選案交查及欠稅案件之追蹤管控。 五、保稅政策、法令訂定、修正、解釋之研擬及保稅區相關業務之督導。 六、自由貿易港區、其他免稅區之關稅政策、通關作業程序規劃、法令訂定、修正、解釋之 研擬及相關業務之督導。 七、其他有關稽核業務事項。

本規程自中華民國一百零二年一月一日施行。 本規程修正條文自發布日施行。