- 中華民國101年12月30日國防部國制研審字第1010001130號令修正發布全文八條,自102年1月1日施行
- 中華民國95年2月15日國防部制創字第0950000136號令修正發布名稱及全文七條,自發布日施行(原名稱:國防部海軍總司令部組織規程)(中華民國95年2月13日行政院院授研綜字第0950002739號函核定修正名稱及全部條文)
- 中華民國93年5月18日國防部制剴字第0930000517號令發布修正發布第三條、第四條、第七條、第十一條條文及編制表,自發布日施行(中華民國93年5月11日行政院院臺防字第0930012888號函核定修正部分條文及編制表)
- 中華民國89年12月30日國防部鐸錮字第890017681號令修正發布名稱及全文十一條,施行日期由行政院定之(原名稱:海軍總司令部組織規程)(中華民國89年12月30日行政院臺八十九防字第36192號函核定)(中華民國90年12月24日行政院臺九十防字第073407-1號函發布定自91年3月1日起施行)
- 中華民國84年1月11日國防部(84)鐸錮字第0033號令修正發布第三條、第八條、第十二條至第十五條條文
- 中華民國70年4月13日國防部(70)淦湜字第1151號令訂定發布全文十七條