- 中華民國112年11月6日經濟部經園字第11255600380號令修正發布全文十一條,自發布日施行
- 中華民國110年11月2日經濟部經加字第11004605430號令修正發布名稱及全文十一條,自發布日施行(原名稱:加工出口區區內事業申請設立審查辦法)
- 中華民國108年9月12日經濟部經加字第10804603970號令修正發布第三條條文
- 中華民國104年2月5日經濟部經加字第10404600600號令修正發布第一條、第三條、第五條條文
- 中華民國94年5月12日經濟部經加字第09404603970號令修正發布第五條條文(中華民國101年12月25日行政院院臺規揆字第1010154558號公告第五條第一項所列屬財政部「關政司」、「關稅總局」之權責事項,自102年1月1日起改由財政部「關務署」管轄)
- 中華民國91年11月6日經濟部經加字第09104624710號令修正發布第三條條文
- 中華民國91年2月6日經濟部經加字第88462787號令修正發布第五條、第七條、第八條條文
- 中華民國89年1月12日經濟部經(89)加字第88462787號令修正發布第三條條文
- 中華民國86年7月23日經濟部經(86)加字第86460937號令修正發布名稱及全文九條(原名稱:加工出口區外銷事業申請設立審查辦法)
- 中華民國81年9月9日經濟部經(81)加字第088611號令修正發布第一條、第五條條文
- 中華民國79年5月30日經濟部經技字第02509號令修正發布第二條、第五條條文
- 中華民國78年8月28日經濟部經技字第044439號令修正發布第三條、第五條、第八條條文
- 中華民國74年1月21日經濟部經技字第02934號令修正發布第三條條文
- 中華民國67年1月23日經濟部經法字第02474號令修正發布全文九條
- 中華民國62年8月22日經濟部經法字第26179號令修正發布全文九條
- 中華民國58年5月10日經濟部經臺工字第16248號令修正發布
- 中華民國56年10月29日經濟部經臺工字第3562號令修正備查
- 中華民國54年7月19日經濟部經臺經加字第1427號令訂定發布