本關設下列組、室、分關：
一、業務一組，分五課十七股辦事。
二、業務二組，分二課六股辦事。
三、稽查組，分四課九股二艇辦事。
四、倉棧組，分二課八股辦事。
五、機動稽核組，分五課五股辦事。
六、法務緝案組，分三課三股辦事。
七、秘書室，分六股辦事。
八、人事室，分三股辦事。
九、政風室，分二股辦事。
十、主計室，分三股辦事。
十一、資訊室，分三股辦事。
十二、五堵分關，分六課二十三股辦事。
十三、桃園分關，分四課十一股辦事。
十四、八里分關，分五課十八股辦事。
十五、花蓮分關，分三課七股二艇辦事。

稽查組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之抽核及儀器檢查。
二、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。
三、緝毒犬隊執勤（搜索、偵測）及管理。
四、轄區內水域巡緝。
五、押運業務。
六、緝私船舶、車輛及貨櫃檢查儀等查緝設備之管理及維護。
七、違章及行政救濟案件之處理。
八、其他有關稽查事項。

倉棧組掌理事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨櫃（物）之監理。
二、貨棧、貨櫃集散站及保稅倉庫之監管。
三、貨棧、貨櫃集散站免驗貨櫃（物）之抽核。
四、自由貿易港區業務。
五、入出境運輸工具之通關及管理。
六、入境船員行李之檢查及通關。
七、轄區內碼頭巡緝及倉庫之監管。
八、違章及行政救濟案件之處理。
九、其他有關倉儲事項。

花蓮分關掌理轄區內事項如下：
一、進口、出口、轉運及轉口貨物之通關。
二、進出口報單審核、副本核發及貨物稅完（免）稅照之處理。
三、進口貨物補稅、艙單及貨樣管理。
四、水域、碼頭之巡緝及押運。
五、入出境旅客、船員行李之檢查及通關。
六、入出境運輸工具之通關及管理。
七、小三通貨物進出口通關之處理、免稅商店及離島免稅購物商店之監管
  。
八、自由貿易港區業務。
九、違章及行政救濟案件之處理。
十、海運快遞貨物之通關及管理。
十一、其他有關轄區關務事項。